[Materia Condensada] Consulta cálculo de frecuencias (y eventualmente espectros) vibracionales

[Susana Ramos]

Hola Fabio,

Si, sería muy bueno poder hacer lo que consultás. A mi también me intersaría. 

Phonopy te permite justamente generar los poscars individuales con los desplazamientos generados según la simetría del problema, para luego calcularlos individualmente con Vasp y después colectarlos para que phonopy te construya la materiz dinamica y de ahí calcular los fonones. 

Pero no sabría cómo decirle a Phonopy que no considere los desplazamientos de algunos átomos , como es el caso de la superfie que querés dejar fija. Y que te genere los poscars con esa condición. Y de ahí luego ir a calcular cada poscar (cada desplazamiento) en vasp. 

Nuestra experiencia en el foro de Phonopy es que planteada la inquietud Togo (el autor del programa) responde muy rápido y si hace falta te genera una actualización del programa y la pone a disposición. Es un foro muy activo. Así nos pasó con Gaby Cabeza cuando quisimos usar Phonopy para clusters, no estaba contemplado, y generó una versión que nos sirvió para obtener las DOS vibraciones de clusters, pues la versión inicial del programa estaba pensada para bulk.

Saludos! espero le encuentres la vuelta! 

Susana


Susana B. RamosDepartamento de Física
Facultad de Ingeniería 
Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos,
Biotecnología y Energías Alternativas
(PROBIEN, CONICET-UNCo) 
UNIVERSIDAD NACIONAL DEL COMAHUE 
Buenos Aires 1400 (Q8300BCX) 
Neuquén - ARGENTINA
TE:  +54-299-4490300 (int. 331)
email: susana.ramos en fain.uncoma.edu.ar, sbramos en yahoo.com
 

    El viernes, 11 de octubre de 2019 16:14:53 ART, Heriberto Fabio busnengo <busnengo en ifir-conicet.gov.ar> escribió:  
 
 Hola a todos,
Me permito usar esta lista para mandarles una consulta.
Alguno conoce un programa del estilo de Phonopy que (a diferencia de éste, al menos hasta donde yo entendí) permita generar los archivos necesarios para luego usando un códigoDFT (yo uso VASP) calcular las frecuencias vibracionales de un sistema de átomos en la supercelda pero dejando fijos los otros ?
Sería como hacer un cálculo con VASP con IBRION=5 pero en lugar que vasp calcule primero las energías y fuerzas de las configuraciones desplazadas,una después de la otra para luego calcular las frecuencias,lo que quisiera es usar un programa que genere el conjunto de POSCARs (uno para cada desplazamiento) para ser calculados de manera independiente uno del otro (single point calculations) lo cual es fácil de hacer por uno mismo, Y que además (esto es lo que no tengo ganas de resolver a mano),extraiga de los archivos de salida de cada cálculo single-point, calcule la matriz hessiana y luego las frecuencias.
Esto es útil porque cuando hay que desplazar muchos átomos el cálculo de frecuencias tal como lo hace VASP con IBRION=5, demora mucho y si por haber estimado mal el tiempo del cálculo al mandar el job al sistema de colas,se corta el cálculo justo antes de terminar, hay que recomenzar de nuevo si uno no quiere tomarse el trabajo de hacer sólo los cálculos que quedaron sin hacer y armar la matriz hessiana a mano y diagonalizarla con algún código que haga eso.
Mirando la documentación de Phonopy, este código no está pensado para hacer eso y hay que meterse a modificar cosas con el riesgo de meter la pata en algo sin darse cuenta.Si alguien conoce o dispone de un código que permita hacer esto que describo, les agradeceré me pasen la información.
Gracias desde ya !
Saludos,Fabio_______________________________________________
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