<html><head></head><body><div class="ydp5817a4a3yahoo-style-wrap" style="font-family:Helvetica Neue, Helvetica, Arial, sans-serif;font-size:16px;"><div><div dir="ltr" data-setdir="false"><div><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Hola Fabio,</p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Si, sería muy bueno poder hacer lo que consultás. A mi también me intersaría. </p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Phonopy te permite justamente generar los poscars individuales con los desplazamientos generados según la simetría del problema, para luego calcularlos individualmente con Vasp y después colectarlos para que phonopy te construya la materiz dinamica y de ahí calcular los fonones. </p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Pero no sabría cómo decirle a Phonopy que no considere los desplazamientos de algunos átomos , como es el caso de la superfie que querés dejar fija. Y que te genere los poscars con esa condición. Y de ahí luego ir a calcular cada poscar (cada desplazamiento) en vasp. </p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Nuestra experiencia en el foro de Phonopy es que planteada la inquietud Togo (el autor del programa) responde muy rápido y si hace falta te genera una actualización del programa y la pone a disposición. Es un foro muy activo. Así nos pasó con Gaby Cabeza cuando quisimos usar Phonopy para clusters, no estaba contemplado, y generó una versión que nos sirvió para obtener las DOS vibraciones de clusters, pues la versión inicial del programa estaba pensada para bulk.</p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Saludos! espero le encuentres la vuelta! </p><p style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: Lucida Grande, Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12px;">Susana</p></div><br></div><div><br></div><div class="ydp5817a4a3signature"><span style="background-color:transparent;"><font style="font-size: 15px; background-color: inherit;" id="ydp5817a4a3yui_3_16_0_ym19_1_1502716663382_14048"><b id="ydp5817a4a3yui_3_16_0_ym19_1_1502716663382_14047">Susana B. Ramos</b></font></span><div style="font-size:15px;" id="ydp5817a4a3yui_3_16_0_ym19_1_1502716663382_14045"><span style="background-color:transparent;"><span style="font-size:11.5pt;line-height:17.6333px;font-family:Calibri, sans-serif;" id="ydp5817a4a3yui_3_16_0_ym19_1_1502716663382_14046">Departamento de Física<span class="ydp5817a4a3yiv0515708162x_ecxapple-converted-space"></span><br clear="none">
Facultad de Ingeniería<span class="ydp5817a4a3yiv0515708162x_ecxapple-converted-space"> </span><br clear="none">
Instituto de Investigación y Desarrollo en Ingeniería de Procesos,<br clear="none">
Biotecnología y Energías Alternativas<br clear="none">
(PROBIEN, CONICET-UNCo)<span class="ydp5817a4a3yiv0515708162x_ecxapple-converted-space"> </span><br clear="none">
UNIVERSIDAD NACIONAL DEL COMAHUE<span class="ydp5817a4a3yiv0515708162x_ecxapple-converted-space"> </span><br clear="none">
Buenos Aires 1400 (Q8300BCX)<span class="ydp5817a4a3yiv0515708162x_ecxapple-converted-space"> </span><br clear="none">
Neuquén - ARGENTINA<br clear="none">TE: +54-299-4490300 (int. 331)<br>email: susana.ramos@fain.uncoma.edu.ar, sbramos@yahoo.com<br></span></span></div><span style="background-color:transparent;"></span></div></div>
<div><br></div><div><br></div>
</div><div id="ydp3ed51f53yahoo_quoted_1705176253" class="ydp3ed51f53yahoo_quoted">
<div style="font-family:'Helvetica Neue', Helvetica, Arial, sans-serif;font-size:13px;color:#26282a;">
<div>
El viernes, 11 de octubre de 2019 16:14:53 ART, Heriberto Fabio busnengo <busnengo@ifir-conicet.gov.ar> escribió:
</div>
<div><br></div>
<div><br></div>
<div><div id="ydp3ed51f53yiv6166992760"><div><div dir="ltr"><div>Hola a todos,</div><div><br clear="none"></div><div>Me permito usar esta lista para mandarles una consulta.</div><div><br clear="none"></div><div>Alguno conoce un programa del estilo de Phonopy </div><div>que (a diferencia de éste, al menos hasta donde yo entendí) </div><div>permita generar los archivos necesarios para luego usando un código</div><div>DFT (yo uso VASP) calcular las frecuencias vibracionales de un sistema de átomos en la supercelda pero dejando fijos los otros ?</div><div><br clear="none"></div><div>Sería como hacer un cálculo con VASP con IBRION=5 pero en lugar que </div><div>vasp calcule primero las energías y fuerzas de las configuraciones desplazadas,</div><div>una después de la otra para luego calcular las frecuencias,</div><div>lo que quisiera es usar un programa que genere el conjunto de POSCARs (uno para cada desplazamiento) para ser calculados de manera independiente uno del otro (single point calculations) lo cual es fácil de hacer por uno mismo, Y que además (esto es lo que no tengo ganas de resolver a mano),</div><div>extraiga de los archivos de salida de cada cálculo single-point, calcule la matriz hessiana y luego las frecuencias.</div><div><br clear="none"></div><div>Esto es útil porque cuando hay que desplazar muchos átomos el cálculo de frecuencias tal como lo hace VASP con IBRION=5, demora mucho y si por haber estimado mal el tiempo del cálculo al mandar el job al sistema de colas,</div><div>se corta el cálculo justo antes de terminar, hay que recomenzar de nuevo si uno no quiere tomarse el trabajo de hacer sólo los cálculos que quedaron sin hacer y armar la matriz hessiana a mano y diagonalizarla con algún código que haga eso.</div><div><br clear="none"></div><div>Mirando la documentación de Phonopy, este código no está pensado para hacer eso y hay que meterse a modificar cosas con el riesgo de meter la pata en algo sin darse cuenta.</div><div>Si alguien conoce o dispone de un código que permita hacer esto que describo, les agradeceré me pasen la información.</div><div><br clear="none"></div><div>Gracias desde ya !</div><div><br clear="none"></div><div>Saludos,</div><div>Fabio</div><div class="ydp3ed51f53yiv6166992760yqt7807722257" id="ydp3ed51f53yiv6166992760yqtfd66765"><div class="ydp3ed51f53yiv6166992760gmail_quote"></div></div></div></div></div><div class="ydp3ed51f53yqt7807722257" id="ydp3ed51f53yqtfd57378">_______________________________________________<br clear="none">Lista de Correo: MateriaCondensada<br clear="none">Info: <a shape="rect" href="http://lists.ing.unlp.edu.ar/mailman/listinfo/materiacondensada" rel="nofollow" target="_blank">http://lists.ing.unlp.edu.ar/mailman/listinfo/materiacondensada</a></div></div>
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</div></body></html>